內部組織設置總經理一人，秉承董事會決議，綜理推動業務；副總經理二人輔佐之。下設有業務部、徵信部、研究部、會員輔導部等四個業務單位，以及資訊部、資安部、管理部、會計室、法務室等五個支援單位。
業務部為當事人信用資料之服務窗口；徵信部為金融機構報送資料、產品查詢之聯繫窗口；研究部為配合銀行提升徵信風險評估與管理、及協助主管機關監理金融機構之主要聯繫窗口；會員輔導部為會員入會、查詢安控作業之查核及會員教育訓練之服務窗口。
